Selama tahun 1866, kapal-kapal laut dari berbagai negara telah dihadang sebuah benda yang luar biasa besarnya yang juga panjang bentuknya seperti mesin pintal yang pasti ukuranya lebih besar dan gerakanya lebih cepat dari seekor paus. Sontak berita tersebut sangat menghebohkan komunitas penjelajah samudera, baik itu pedagang, pelaut, kapten atau komandan kapal dari Eropa ataupun dari Amerika. Pemerintah AS mengadakan ekspedisi penjelajahan laut untuk menemukan dan menghancurkan benda yang disebut monster itu. Kemudian, munculah Profesor Pierre Aronnax, seorang ahli biologi kelautan Perancis sekaligus narator cerita ini, ia menerima undangan untuk bergabung dengan ekspedisi yang diselenggarakan pemerintah Amerika tersebut. Ia berangkat bersama Kapal Frigate Abraham Lincoln dengan beberapa kru, yaitu Ned Land, Penangkap ikan paus dari Kanada dan ahli harpun dan pelayan setia Aronnax yang bernama Conseil.
Setelah pencarian selama lima bulan yang berakhir di Jepang, tim ekspedisi menemukan monster itu. Malangnya, monster itu merusak kemudi kapal sehingga ketiga tokoh kita terlempar ke laut dan akhirnya naik ke atas monster itu sendiri. Sangat mengejutkan, ketika tersadar, ternyata monster tersebut adalah kapal selam futuristik yang bernama Nautilus. Mereka menunggu di dek kapal sampai pagi, kemudian mereka ditangkap, diangkut ke dalam, dan diperkenalkan dengan perancang dan komandan misterius kapal selam itu, Kapten Nemo .
